جزء اصلی قهوه یعنی کافئین ، از مواد محرک و مؤثر بر دستگاه گوارش و سیستم عصبی است. قهوه یک راه حل طولانی مدت برای بهبود یبوست نیست و در واقع مشکلات گوارشی مانند IBS یا سندرم روده تحریک پذیر را بدتر می‌کند.